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六·一六事變指1922年6月16日發生於中國廣州一場以陳炯明為首的武裝事件，又稱陳炯明事件；從孫文的立場則稱為「廣州蒙難」。由於陳炯明主張聯省自治，率領部下粵軍以軍事行動驅趕孫文主張北伐統一中國，期間粵軍發炮三響威嚇總統府，中國國民黨稱為「陳炯明砲擊總統府」。

陳炯明主張實行「聯省自治」（民選議員和地方長官等），遵鄒容《革命軍》的遺志，「建立以美國為模範,加以適應中國傳統和國情的修改」的美國式民主聯邦；這與孫中山的北伐、武力統一的主張有所衝突。1921年4月7日，選舉孫中山為非常大總統。孫中山實施武力統一全國之策，與廣東實力派陳炯明的聯省自治主張發生衝突。陳炯明主張先定省憲，以確立民治的基礎；再議國憲，循序漸進地推進和平統一。

1922年4月，孫文執意北伐，陳炯明無法接受孫的條件，遂被罷黜，回惠州隱居。5月20日，陳炯明部下葉舉率領粵軍，擅自開入廣州，呼籲迎陳復職。6月1日，孫從韶關返回被粵軍控制的廣州城。6月1日舊國會參眾兩院議員王家襄，吳景濂等在天津集會，宣布「非法總統」徐世昌無效，徐世昌於2日宣布辭職，黎元洪復職。6月3日，由於孫曾發表過政治宣言，承諾如果徐世昌下台，他亦將下野。蔡元培、胡適、高一涵等兩百多位各界名流，聯名致電孫和廣州非常國會，呼籲孫實踐諾言。

6月3日，葉舉宣布廣州戒嚴。6月12日，孫通過報紙向陳炯明攤牌，宣布：「我下令要粵軍全數退出省城30里之外，他若不服命令，我就以武力壓服他。」6月15日深夜，粵軍高級將領召開會議，決定發動軍事行動，逐孫下台，並事先來電通知孫，讓孫趕快撤離總統府，兌現孫與徐世昌一齊下台的諾言。

15日晚10時，廣州衛戌司令，粵軍第三師師長魏邦平接到葉舉「讓孫中山撤離總統府」的命令，並告知孫，孫及時離開。16日3時葉舉部包圍總統府，5時左右司令楊坤如數十人進入總統府企圖繳械，在守軍誘騙下遭到攻擊全滅。粵軍開始攻擊總統府，至10時攻陷。期間粵軍發炮三響威嚇總統府，並拘捕廖仲愷。事件發生後，葉舉等粵軍將領電請當時在惠州的陳炯明返廣州維持局面。章太炎也於19日發電文支持陳炯明貫徹其「聯省自治」的主張，並另電勸孫「去」非常大總統之「號」，離開廣州。

孫登上永豐艦後，於廣州水域憑藉海軍及部分地面部隊持續抵抗。事件發生時，蔣中正於故鄉奉化守制。6月18日，孫電促蔣來廣東，6月29日蔣到黃埔，登上永豐艦見孫，蔣在孫處於危難而急需時趕來，使得孫在以後對蔣有更深、更多之信任和期望。蔣奉孫電召赴永豐艦參贊軍事行動達42日，咸認蔣日後在國民黨內政治地位的攀升此為重要之契機。粵軍在事變後派兵消滅孫中山的民團。而北伐軍部分歸降葉舉，跟隨孫中山的許崇智部戰敗後取道江西入福建。